Как сообщается на официальном сайте «НПО машиностроения», заочная аспирантура при ЦКБМ (так в те годы именовалось градообразующее предприятие) была организована 4 июня 1968 года согласно приказу Генерального конструктора Владимира Челомея.  Он же председательствовал в приёмной комиссии, которая совместно с общественными организациями и советом молодых специалистов занималась отбором кандидатов в это специализированное подразделение по подготовке и научных кадров высшей квалификации.

В своей деятельности  аспирантура была тесно связана с научно-техническим советом предприятия, а с 1972 года - с созданным научно-исследовательским отделом № 39, которому поручались разработка, организация и координация научно-исследовательских работ (НИР) перспективного направления и общеотраслевого профиля, а также работы по подготовке научных кадров. 

В 1998 году приказом Генерального директора Герберта Ефремова было образовано подразделение 00-03, объединившее бюро аспирантуры и бюро НИР.

В настоящее время аспирантура при «НПО машиностроения» действует, имея  лицензию на осуществление образовательной деятельности от 25 ноября 2015 года №1787.

Председателем приемной комиссии в аспирантуру является первый заместитель генерального директора предприятия Анатолий Хромушкин.

Ежегодно в аспирантуру поступают 6 человек. В настоящее время 5 соискателей ученой степени кандидата технических наук, закончивших аспирантуру, подготовили к защите свои диссертации.